NetBSDでは、daily insecurity outputの中で、パッケージの一覧と、パッケージ内容・依存関係のファイルの差分を通知するようになっています。
作業記録を残すためにFreeBSDのdaily outputに移植して使っていたのですが、他でも使えそうなので公開しておきます。
配布
このファイルを/usr/local/etc/periodic/daily/230.backup-pkgsとして設置し、/etc/periodic.conf で daily_backup_pkgs_enable="YES" を設定してください。デフォルトでは、他のバックアップファイルと同様に /var/backups 以下に保存するようになっていますが、他の場所にしたければ daily_backup_pkgs_dir を適宜設定すればそちらに保存されるはずです。
NetBSDのオリジナルでは、/var/db/pkg 以下の +REQUIRED_BY および +CONTENTS も差分を取っている(同じpkg versionでも新しくなることがあるため)のですが、あまりdaily outputが長くなって読まないのでは本末転倒なので、敢えて実装していません。